SARDOR Alineator ha sido creado con el objetivo de alinear multiples secuencias de proteina. Esto nos es util para llevar a cabo diferentes tareas como pueden ser :
- Comprobar si nuevas secuencias y familias existentes de las mismas reunen las condiciones suficientes para ser consideradas homologas
- Entontrar patrones para caracterizar familias proteicas.
- Ayuda para predecir estructuras secundarias y terciarias
- Sugerir posibles primers para PCR por oligonucleotidos.
- Posibles motivos conservados entre las diferentes proteinas
- Establecer un perfil filogenetico aproximado de las proteinas
Cuando queremos realizar un MSA (multiple sequence alignment)no podemos usar el algoritmo tradicional de programacion dinamica, ya que seria imposible almacenar todos los datos generados a partir de todas las combinaciones posibles ( n elevado a k, siendo n el numero de nucleotidos y k el de secuencias). Por esta razon se debe realizar un alineamiento progresivo, es decir agrupando las secuencias y estableciendo jerarquias(metodo de Feng y Doolittle) . El MSA puede ser local o bien global; si establecemos una alineacion completa de todas las secuencias o nos limitamos a buscar ciertos dominios en comun.
El programa realizado que ponemos a disposicion publica solamente establece alineamiento global, aunque esperamos desarrollar en breve el de alineamiento local.
SARDOR Alineator se puede usar en interfaz web aunque si lo preferis hemos puesto a vuestra disposicion en el apartado de downloads el programa en version Windows y tambien en formato *.pl por si teneis interes en hacer un script y ejecutarlo en unix.
Como vereis en el apartado siguiente, nos hemos basado en el programa de MSA ClustalW. Aunque los dos programas no son iguales, en el programa SARDOR estan incluidas las siguientes opciones:
- Alineamiento segun pesos establecidos a partir de una matriz de distancias
- Establecer los GOP (Gap open penalty) y GEP (Gap Expansion Penalty) iniciales
- GOP Y GEP son dinamicos, es decir varian en funcion de ciertos parametros que se van dando en el proceso de alineamiento ( ver siguiente seccion).
- Elegir la matriz con la que llevaremos a cabo el MSA. Hemos puesto a vuestra disposicion la serie PAM y Blosum.
- Aunque somos conscientes que hay otros formatos debereis introducir las secuencias en formato FASTA
- La matriz de distancia es dinamica, de modo que va variando en funcion de la distancia o similaridad de las secuencias a alinear.
