Els fitxer en format GFF reben aquest nom degut a que la seva extensió és .gff. Aquest format pretén proporcionar una forma estàndard d'enregistrar les anotacions generades a partir de seqüències genòmiques.
El seu contingut està organitzat en columnes en la següent estructura:

   seqid   source   feature   start   end   score   strand   frame   [group] 

    ...

On els valors no poden tenir cap espai, tret de l'última columna (que és opcional), i estan separats entre sí per una tabulació. La descripció de cada un dels valors és:

•  seqid.

  Identificador de la seqüència a partir de la qual s'ha obtingut l'anotació. En el nostre cas aquesta anotació correspon a la predicció d'un exó.
  
  
  

•  source.

  Origen de l'anotació. En el fitxer d'entrada al nostre programa serà el nom del programa que ha predit els exons. En el fitxer de sortida del nostre programa serà el nom d'aquest: Pregen.
  
  
  

• feature.

  Tipus d'anotació / exó. En el context del nostre programa utilitzarem: initial (primer exó, extrem 5'), terminal (últim exó, extrem 3') i internal (exó que es troba entre el primer i l'últim).
  
  
  

•  start.

  Posició dins la seqüència on comença l'exó (acceptor). Sempre serà un nombre sencer entre 1 i la longitud de la seqüència. La posició referida ha de ser forçosament més petita o igual que la posició especificada com a end.
  
  
  

•  end.

  Posició dins la seqüència on acaba l'exó (donor). Sempre serà un nombre sencer entre 1 i la longitud de la seqüència.
  
  
  

•  score.

  Puntuació associada a l'exó. Pot ser qualsevol nombre real. És convenient utilitzar un nombre fixe de xifres decimals. Si no hi hagués puntuació associada, hi escriurem el símbol del punt ".".
  
  
  

•  strand. 

  Serà el símbol "+" si l'anotació ha estat feta llegint la seqüència de 5' a 3', o el símbol "-" si l'anotació ha estat feta llegint la seqüència de 3' a 5'. Si aquesta informació no és rellevant escriurem el símbol ".".
  
  
  

•  frame. 

  Pauta de lectura en la qual s'ha fet l'exó, serà un valor numèric entre 0, 1 i 2. Utilitzarem el símbol del "." quan la pauta de lectura no sigui rellevant.
  
  • La pauta 0 indica que la primera base de l'anotació correspon a la primera base d'un codó.
  • La pauta 1 fa referència a que la primera base de l'anotació pertany a un codó d'una anotació anterior, i la segona base de l'anotació correspon a la primera base d'un codó.
  • Per últim la pauta 2 indica que les dues primeres bases de l'anotació pertanyen a un codó d'una anotació anterior i la tercera base correspon a la primera base d'un codó.
  
  
  

•  [group].

  Valor opcional que pot estar format per lletres o números i inclús espais. S'acostuma a utilitzar per agrupar anotacions, com ara exons, que pertanyen a un mateix gen. En el nostre programa no tenim en compte aquest paràmetre.