En el caso real presentado, vemos como el programa promfinder hace un barrido de las secuencias introducidas y muestra para cada una de ellas los candidatos o "hits" (fragmentos de secuencia que superan el valor de punto de corte por defecto 0.8) para cada matriz (cada matriz aparece en distinto color). De esta manera, promfinder resulta ser una aplicación útil para buscar patrones concretos en secuencias en función de la matriz que se introduzca. En este caso, se ha introducido como MATRIZ 1: una matriz transfac de TATA box; y como MATRIZ 2: una matriz de HNF1a.
MATRIZ 1: PO A C G T 01 61 145 152 31 S 02 16 46 18 309 T 03 352 0 2 35 A 04 3 10 2 374 T 05 354 0 5 30 A 06 268 0 0 121 A 07 360 3 20 6 A 08 222 2 44 121 W 09 155 44 157 33 R 10 56 135 150 48 N 11 83 147 128 31 N 12 82 127 128 52 N 13 82 118 128 61 N 14 68 107 139 75 N 15 77 101 140 71 N MATRIZ 2: PO A C G T 01 6 0 16 3 G 02 2 0 24 0 G 03 1 0 0 25 T 04 2 0 0 24 T 05 25 0 0 1 A 06 20 2 1 3 A 07 2 0 0 24 T 08 8 3 8 7 N 09 16 0 1 9 W 10 3 1 1 21 T 11 1 4 0 21 T 12 16 1 6 3 A 13 9 11 3 3 M 14 7 14 0 5 M 15 11 7 4 3 N
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