Bibliografia i Software

Servidors utilitzats en la realització del projecte:

  • EMBL Heidelberg, Germany

  • Gff2ps Josep Francesc Abril Ferrando,Roderic Guigó Serra

  • EMBL Repeat Masker server RepeatMasker version '2002/07/13'; RepBase database version 7.4; Chenna Ramu et.al.

  • Genscan by Chris Burge. Research group of Samuel Karlin, Department of Mathematics, Stanford University. 1997-2000.

  • Geneid Version 1 de geneid escrit majoritariament per Enrique Blanco and Roderic Guigo. Profiles i Markov matrices per Genis Parra. Geneid server escrit per Enrique Blanco amb l'ajuda de Moises Burset i Josep F. Abril.

  • UCSC Genome Bioinformatics Browser by Jim Kent, Charles Sugnet, Terry Furey, David Haussler, Matt Schwartz, Angie Hinrichs, Donna Karolchik, Heather Trumbower, and the Genome Bioinformatics Group of UC Santa Cruz. Copyright 2001 The Regents of the University of California.

  • Ncbi's blast server Stephen Altschul, Jonathan Epstein, David Lipman, Tom Madden, Scott McGinnis, Jim Ostell, Alex Schaffer, Sergei Shavirin, Heidi Sofia, Jinghui Zhang.

  • Ensemble Projecte conjunt entre EMBL - EBI i Sanger Institute pel desenvolupament de un sistema de software que produeix i manté l'anotació automàtica en genomes eucariotes. Fundat pel Wellcome Trust.

  • Swiss-Prot ( ExPASy Molecular Biology Server The ExPASy (Expert Protein Analysis System) servidor de preotòmica del Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

  • Clustal W Higgins D., Thompson J., Gibson T.Thompson J.D., Higgins D.G., Gibson T.J.(1994). European Bioinformatics Institute

  • Promo Dr. M. M. Albà of the Genome Informatics Research Lab, Universitat Pompeu Fabra, and R. Escudero, D. Farré, O. Nuñez, J. Martinez and Dr. X. Messeguer of the Universitat Politècnica de Catalunya.

  • Transfac: MatInspector Version 2.2, matrix from TRANSFAC 4.0. © MatInspector by AG BIODV, GSF and Research Group Bioinformatics, GBF


Programes:
  • Parseblast

  • Ghostview: visualització de documents PostScript