Iron Response ElementS

DISCURSIÓN

Un punto clave para el entendimiento de las interaciones que se dan en los diferentes elementos presentes en los seres vivos es el conocimiento de las estructuras secundarias y terciarias de los mismos. Finalmente, y de este modo, podremos llegar a comprender los procesos esenciales que intervienen en la función y regulación celular.

La síntesis proteica, tal y como queda comentado en la introducción, puede venir regulada por diferentes factores entre los cuales  encontramos los Elementos Reguladores del Hierro (IREs). Estos elementos presentes en algunos mRNAs  representan estrucuras secundarias determinadas y van a jugar un papel fundamental en su posterior traducción a proteína.

El objetivo de este proyecto ha sido encontrar un patrón específico para este tipo de estructuras. Una vez encontrado, pudimos observar cómo difería en algunos grupos de secuencias tanto en lo que se refiere a su localización en el mRNA (3´O 5´)  como en su estructura (cuatro o cinco bucles en el primer caso -3´- o sólamente uno en el segundo -5´-).

Llegados a este punto nos planteamos si todas las estructuras secundarias encontradas podían ser estables biológicamente y por lo tanto funcionales. De este modo decidimos hacer un RNAfold para cada una de las estructuras primarias, y la negatividad de los resultados nos confirmó esta estabilidad biológica, aunque no todas las estructuras secundarias predichas por el programa coincidían con las realizadas previamente por nuestro grupo.

El siguiente paso era asignar valores de sensibilidad y especificidad para cada uno de los patrones, y así poder conocer cómo de fiables podían ser los resultados obtenidos al correr una secuencia de mRNAs sobre éstos y determinar una posible presencia de estos elementos reguladores. Los resultados corroboraron que nuestros patrones eran realmente restrictivos y demasiado específicos debido especialmente al bajo número de secuencias del que partimos inicialmente (otras Untranslated Regions encontradas en la base de datos UTRdb no contenían ningún tipo de estructura primaria que se correspondires con los IREs) y a que eran muy similares entre ellas.

Posteriormente se decidió establecer unos valores de cut off para poder así distinguir entre aquellos valores altamente fiables, obtenidos al correr una secuencia sobre los patrones, de los que no lo son. De este modo pudimos eliminar todas aquellas secuencias que tenían una alta probabilidad de ser muy poco fiables.

Al correr cada una de las secuencias pertenecientes al test obsevamos que sólo los patrones de la ferritina y transferrina eran realmente fiables, debido fundamentalmente a que eran el grupo de las que más secuencias partíamos. Finalmente, decir que aunque como ya se ha comentado anteriormente los patrones eran bastante reestrictivos pudimos obtener un gran número de secuencias test a partir de los patrones elaborados.

Finalmente decidimos correr los patrones de ferritina y transferrina (no los de los demás tipos de secuencias debido a que como se ha comentado anteriormente partimos deun bajo número de secuencias) sobre toda la base de datos UTRdb. Observamos entonces cómo nos volvía todas las secuencias de las que partimos inicialmente, tanto para hacer el grupo de ensayo como para hacer el test, y una serie de secuencias extra que suponemos que son mRNAs regulados por este tipo de estructuras como son los IREs.