COMANDOS EN PERL PARA CORRER EN PATSCAN EL PATRÓN DE LA FERRITINA

 

- Correr el patrón sobre las secuencias del grupo de ensayo:
                    $scan_for_matches ferritinpattern.txt < training.fa

- Correr el patrón sobre las secuencias del grupo de test:
                $scan_for_matches ferritinpattern.txt < test.fa

- Correr el patrón sobre las secuencias 5' sin IREs:
                $scan_for_matches ferritinpattern.txt < no_ires_5'.fa

- Correr el patrón sobre las secuencias 3' sin IRES:
                $scan_for_matches ferritinpattern.txt < no_ires_3'.fa