#!/usr/bin/perl -w

use strict;

####################################################
# PROGRAMA PER EXTREURE UNA PART DE UNA SEQ DE DNA #
####################################################
  

#Declaració de variables

my $file;
my $ini;
my $len;
my $seq;
my $id;
my $i;
my $cacho;

#assignació 
#Per executar el programa caldrà posar 3 paràmetres més: 
# - el nom del fitxer del qual volem extreure la seq
# - el número del primer nucleòtid que volem extreure
# - la llargada de nucleòtids que volem extreure

$file = $ARGV[0];
$ini = $ARGV[1];
$len = $ARGV[2];
$seq = '';
$i = 0;
$cacho = '';

open (IN, "< $file") ;
$id = <IN>;
chomp ($id);

#Ara posem tota la seq en una sola linia 

while (<IN>) {  
 chomp;
    $seq = $seq.$_;
}

#Ara agafem el troç de seq que li hem dit al fer executar un programa

$cacho = substr($seq,$ini,$len);
print "$id \n";

#Ara volem que ens torni la seq també en format fasta

while ($i < $ARGV[2]){ 
    print substr($cacho,$i,80)."\n";
$i = $i+80;
}

close (IN);