PREDICCIÓ GENEID I GENSCAN
Comentaris
Comentaris Geneid.
Comentaris Genscan.
* El programa de predicció de gens Geneid preveu 4 gens. El primer gen de 2 exons ( el dibuix gen 1 ), el segon gen de 11 exons ( gen 2 al dibuix), el tercer orientat en "reverse" ( en el dibuix gen 3 ) de 2 exons i el quart gen amb 4 exons (gen 4 al dibuix).
Taula de Resultats del Geneid:
Sequence AC090953 - Length = 189955 bps
Opti AC090953.geneid.gffmal Gene Structure. 4 genes. Score = 29.343855
Gene 1(Forward). 2 exons. 95 aa. Score = 0.807167
AC090953 geneid_v1.0 Internal 4054 4125 0.90 + 1 gene_1
AC090953 geneid_v1.0 Terminal 4561 4771 -0.09 + 1 gene_1Gene 2(Forward). 11 exons. 633 aa. Score = 20.122577
AC090953 geneid_v1.0 First 51266 51723 1.25 + 0 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 59566 59604 1.15 + 1 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 71793 71990 4.33 + 1 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 74448 74549 0.43 + 1 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 76539 76856 0.48 + 1 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 84536 84703 2.28 + 1 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 87157 87274 1.85 + 1 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 88695 88796 1.34 + 0 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 95943 96047 2.42 + 0 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Internal 98648 98791 0.02 + 0 gene_2
AC090953 geneid_v1.0 Terminal 103387 103533 4.57 + 0 gene_2Gene 3(Reverse). 2 exons. 86 aa. Score = 3.750629
AC090953 geneid_v1.0 Terminal 107924 108073 -1.20 - 0 gene_3
AC090953 geneid_v1.0 First 140802 140909 4.95 - 0 gene_3Gene 4(Forward). 4 exons. 213 aa. Score = 4.663482
AC090953 geneid_v1.0 First 146986 147104 1.97 + 0 gene_4
AC090953 geneid_v1.0 Internal 170889 171030 0.17 + 1 gene_4
AC090953 geneid_v1.0 Internal 177659 177901 2.14 + 0 gene_4
AC090953 geneid_v1.0 Internal 178646 178781 0.39 + 0 gene_4
* El programa de predicció de gens Genscan prediu un gen més que el Geneid, és a dir en total preveu 5 gens. El primer en el mateix lloc que el Geneid però de més llargada ja que presenta tres exons. ( Gen 1 al dibuix ). El segon gen també el prediu en el mateix lloc i amb la mateixa llargada però amb un exò menys, deu en total ( Gen 2 al dibuix ) El tercer gen en aquest cas el prediu al forward i és de 2 exons ( gen 3 al dibuix ). El gen 4 és en "reverse" i és equivalent al gen 3 del Geneid però en aquest cas de menys llargada però tè tres exons ( gen 4 al dibuix ). El gen 5 està novament en "forward" i amb sis exons ( gen 5 del dibuix ).
Taula de Resultats del Genscan:
Sequence AC090953 : 189955 bp : 43.31% C+G : Isochore 2 (43 - 51 C+G%)
Parameter matrix: HumanIso.smat
Predicted genes/exons:
Gn.Ex Type S .Begin ...End .Len Fr Ph I/Ac Do/T CodRg P.... Tscr..
----- ---- - ------ ------ ---- -- -- ---- ---- ----- ----- ------1.01 Intr + 4054 4125 72 1 0 96 109 17 0.337
1.02 Intr + 4561 4696 136 1 1 110 -7 78 0.210
1.03 Intr + 12663 12713 51 2 0 72 74 45 0.157
1.04 Term + 19189 19242 54 0 0 104 32 68 0.216
1.05 PlyA + 23296 23301 62.00 Prom + 32302 32341 40
2.01 Init + 51185 51723 539 1 2 82 93 433 0.846
2.02 Intr + 59566 59604 39 1 0 68 121 15 0.223
2.03 Intr + 71793 71959 167 0 2 140 63 272 0.546
2.04 Intr + 76652 76856 205 0 1 93 93 144 0.640
2.05 Intr + 84536 84703 168 2 0 57 109 137 0.979
2.06 Intr + 87157 87274 118 1 1 88 95 78 0.521
2.07 Intr + 88602 88796 195 2 0 91 116 85 0.525
2.08 Intr + 95943 96047 105 2 0 91 94 69 0.996
2.09 Intr + 98648 98791 144 1 0 75 105 124 0.956
2.10 Term + 103387 103533 147 0 0 122 42 165 0.999
2.11 PlyA + 105050 105055 63.00 Prom + 108668 108707 40
3.01 Init + 113406 113581 176 2 2 92 49 99 0.169
3.02 Term + 125745 125886 142 0 1 56 54 64 0.036
3.03 PlyA + 126158 126163 64.04 PlyA - 126522 126517 6
4.03 Term - 128535 128402 134 1 2 112 41 65 0.620
4.02 Intr - 135899 135824 76 2 1 49 98 9 0.172
4.01 Init - 140909 140802 108 2 0 85 88 167 0.643
4.00 Prom - 143131 143092 405.00 Prom + 144251 144290 40
5.01 Init + 146986 147104 119 0 2 106 109 7 0.487
5.02 Intr + 159981 160197 217 0 1 0 58 129 0.214
5.03 Intr + 162375 162481 107 2 2 79 103 39 0.831
5.04 Intr + 166146 166242 97 0 1 68 64 55 0.269
5.05 Intr + 177659 177901 243 1 0 60 116 50 0.118
5.06 Term + 180860 180937 78 1 0 110 44 28 0.165
5.07 PlyA + 183391 183396 6
*** L'assignació dels colors és la mateixa per als gens predits a la mateixa posició.
