METODE GFF:
                                    El fitxer d'entrada és el AC090953.seq.out. El format gff  ve definit per nou camps:
- El primer camp: Nom de  la seqüència
- El segon camp: Correspon al carril .
- El tercer camp: Es la font, Source.
- El quart camp: Posició inicial
- El cinquè camp: Posició Final.
- El sisè camp: Score
- El setè camp: Strand
- El vuitè camp: Frame
- El novè camp: Grup

Per tal d'aconseguir aquest format es realitza la comanda següent: grep AC090953 AC090953.seq.out | awk ' BEGIN { OFS= "\t"} {print  $5, $11, "repeat", $7,".", ".", "." }'

Després, s'ulitza el gff2ps extraient un arxiu en format ps que  permet visualitzar amb la comanda gv ( ghostview ) Visualització.

Enrera

- Mètode per l'arxiu del Genscan.  L'objectiu és el mateix que en el cas superior, per tant cal una comanda similar.  Posteriorment s'utilitza el programa gff2ps amb els arxius AC090953.geneid.gff i AC090953.genescan.gff.

gff2ps  AC090953.geneid.gffAC090953.genescan.gff > AC090953.genepredictions.ps

Visualització de la predicció del Genscan i del Geneid.
 

Pàgina Principal