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CLUSTAL W (1.81) Multiple Sequence Alignments
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Sequence 1: Bovine 1275 bpSequence 2: Murine 1320 bpSequence 3: Sialodacryoadenitis 1320 bpSequence 4: Puffinosis 1320 bpSequence 5: Breda 1251 bpSequence 6: Torovirus 1251 bpSequence 7: Coronavirus 1275 bpStart of Pairwise alignments
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Sequences (4:5) Aligned. Score: 7Sequences (4:6) Aligned. Score: 13Sequences (1:2) Aligned. Score: 61Sequences (3:4) Aligned. Score: 84Sequences (2:3) Aligned. Score: 89Sequences (3:5) Aligned. Score: 2Sequences (3:6) Aligned. Score: 3Sequences (4:7) Aligned. Score: 64Sequences (1:3) Aligned. Score: 63Sequences (2:4) Aligned. Score: 85Sequences (2:5) Aligned. Score: 2Sequences (3:7) Aligned. Score: 64Sequences (5:6) Aligned. Score: 84Sequences (1:4) Aligned. Score: 62Sequences (2:6) Aligned. Score: 3Sequences (5:7) Aligned. Score: 5Sequences (1:5) Aligned. Score: 7Sequences (6:7) Aligned. Score: 43Sequences (1:6) Aligned. Score: 17Sequences (2:7) Aligned. Score: 62Sequences (1:7) Aligned. Score: 96Guide tree file created: [/net/nfs0/vol1/production/w3nobody/tmp/572714.41888-458798.dnd]
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There are 6 groups
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Alignment Score 90929
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CLUSTAL W (1.81) multiple sequence alignment
Bovine ---------------ATGTTTTTGCTTCCTAGATTTGTTCTAGTTAGCTGCATAATTGGT 45Coronavirus ---------------ATGTTTTTGCTTCCTAGATTTATTCTAGTTAGCTGCATAATTGGT 45Murine ATGGGCTGTATGTGCATAGCTATGGCTCCTCGCACACTGCT--CTTGCTGATTGGCTGTC 58Sialodacryoadenitis ATGGGCAGAATGTGCATAGCTATGGCTCCTCGCACACTGCT--TTTGCTGATTGGCTGTC 58Puffinosis ATGGGCAGTATGTGCATAGCTATGGCTCCTCGCACACTGCT--TTTGCTGATTGGTTGTC 58Breda ------------------------ATGCTGAGTTTAATACT----TTTTTTTCCATCTTT 32Torovirus ------------------------ATGCTGAGTTTAATACT----TTTTTTTCCATCTTT 32* * * ** *
Bovine AGCCTAGGTTTTGA--CAATCCTCCTACCAATGTTGTTT--CGCATTTAAATGGAGATTG 101Coronavirus AGCTTAGGTTTTTA--CAACCCTCCTACCAATGTTGTTT--CGCATGTAAATGGAGATTG 101Murine AGCTGGTGTTTGGGTTCAATGAACCTCTTAACATCGTTT--CACATTTAAATGATGACTG 116Sialodacryoadenitis AGCTGGTGTTTGGGTTCAATGAACCTATTAACATCGTTT--CACATTTAAATGATGACTG 116Puffinosis AGCTGGCATTGGGGTTCAATGAACCTCTTAATGTCGTTT--CACATTTAAGTGATGACTG 116Breda TGCCTTTGCGGCAACACCAGTAACACCATATTATGGTCCAGGACATATTACCTTTGATTG 92Torovirus TGCCTTTGCAGTAACACCAGTAACACCATATTTTGGTCCATTATATATTACATTTAATTG 92** * * * * * ** ** * * * **
Bovine GTTTTTATTTGGTGACAGTCGGTCAGATTGTAATCATGTTGTTACTACCAACCCCCGTAA 161Coronavirus GTTTTTATTTGGTGACAGTCGTTCAGATTGTAATCATATTGTTAATATCAACCCCCATAA 161Murine GTTTCTATTTGGTGACAGTCGTTCTGACTGTACCTATGTGGAAAATAACGGTCATCCTAA 176Sialodacryoadenitis GTTTCTATTTGGTGACAGTCGTTCTGACTGTACCTATGTAGAAAACAATGGTCACCCTAA 176Puffinosis GTTCCTCTTTGGCGACAGTCGTTCTGACTGTAGCTATGTGGAAAATAACGGTCATCCAGC 176Breda GTGTGGATTTGGTGATAGCAGGTCTGATTGCACCAACCCT-CAGTCACCTATGAGTCTTG 151Torovirus TTGTTTATTTGGTGATAGTAGATCTGATTGTACCAAAGTT-CAATCACCTATGAGTCTTG 151* ***** ** ** * ** ** ** * * *
Bovine TTATTCTTATATGGACCTTAATCCTGCCTTGTGTGGTTCTGGTAAAATATCATCTAAAGC 221Coronavirus TTATTCTTATATGGACCTTAATCCTGTTCTGTGTGATTCTGGTAAAATATCATCTAAAGC 221Murine ATTAGATTGGCTTGATCTTGACCCGAAATTGTGTAATTCAGGAAGAATTTCCGCAAAGAG 236Sialodacryoadenitis ATTAGATTGGCTAGACCTCGACCCAAAATTGTGTAATTCAGGAAAGATAGCTGCGAAGAG 236Puffinosis ATTTGATTGGTTGGACCTACCCCAGGAATTGTGCCATTCAGGTAAGATCTCTGCTAAAAG 236Breda ATATTCCT--CAACAGTTGTGTCCTAAGTTTT--CATCAAAGTCATCCTCGTCCATGTTT 207Torovirus ATAATCCT--CAAAATTTTTGTCCTAATTTTT--CATTAAAATCATCATCATCCATGTTT 207* * * * * * * * *
Bovine TGGCAACTCCATTTTTAGGAGTTTTCACTTTACCGATTTTTATAATTACACAGGCGAAGG 281Coronavirus TGGCAACTCCATTTTTAGGAGTTTTCACTTTACCGATTTTTATAATTACACAGGCGAAGG 281Murine TGGCAACTCTCTCTTTAGGAGTTTCCATTTTATTGATTTTTACAATTATTCAGGAGAAGG 296Sialodacryoadenitis TGGTAATTCTCTCTTCCGGAGTTTTCACTTTACTGATTTTTACAATTATACGGGTGAGGG 296Puffinosis TGGTAATTCCCTTTTTAAGAGTTTTCATTTTACTGATTGGTATAATTACACGGGTGAGGG 296Breda TTGTCATTACATTGGAATAATCATTCCAGTT-TTGTTTCCTATGACTATTTTAATTGTGG 266Torovirus TTTTCAATACATTATAATAATCATTCAAGTT-TAGTTTTATTTGACAATTTTAATTGTCG 266* * * * * * * ** * ** * * * *
Bovine TCAACAAATTATTTTCTATGAGGGTGTTAATTTTACGCCTTATCATGCCTTTAAATGCAC 341Coronavirus TCAACAAATTATTTTTTATGAGGGTGTTAATTTTACGCCTTATCATGCCTTTAAATGCAA 341Murine CGACCAAGTTATATTTTATGAAGGAGTTAATTTTAGTCCCAGCCATGGCTTTAAATGCCT 356Sialodacryoadenitis AGACCAAATAATATTTTATGAAGGAGTTAGTTTTAGTCCCAGCCATGGATTTAAATGCCT 356Puffinosis TGACCAAGTTATATTTTATGAAGGAGTTAATTTTAGTCCCAGTCATGGCTTTAAATGCCT 356Breda TGTGGAGAAGGTTTTTTATGAGGGTGTGAATTTTTCACCACGTAAGCAGTATAGTTGTTG 326Torovirus TATAGAAAAAGTTTATTATAATGGTGTTAATTTATCACCACGTAATCAGTATAGTTGTTA 326* * * *** * ** ** * *** ** * * ** **
Bovine CACTTCTGGTAGTAATGATATTTGGATGCAGAATAAAGGCTTGTTTTACACTCAGGTTTA 401Coronavirus CCGTTCTGGTAGTAATGATATTTGGATGCAGAATAAAGGCTTGTTTTATACTCAGGTTTA 401Murine GGCTTATGGAGATAATAAAAGATGGATGGGCAATAAAGCTCGATTTTATGCCCGAGTGTA 416Sialodacryoadenitis GGTTGAAGGAGATAATAATAAGTGGATGGGCAATAAAGCTCGATTTTATGCCCTATTGTA 416Puffinosis GGCTGAAGGTGATAATAAAAGATGGATGGGTAATAAAGCTCGATTTTATGCCCTAGTGTA 416Breda GGATGAGGGTGTTGATGGT---TGGATTGAACTTAAGACCAGGTTTTATACTAAGCTTTA 383Torovirus TGATGAGGGTGTTGATAGT---TATATGGAACTTAAAACCAGTTTTAATATTAAGCTTAA 383* ** * ** * ** *** *** * * *
Bovine TAAGAATATGGCTGTGTATCGCAGCCTTACTTTTGTTAATGTACCATATGTTTATAATGG 461Coronavirus TAAGAATATGGCTGTGTATCGCAGCCTTACTTTTGTTAATGTACCATATGTTTATAATGG 461Murine TGAGAAGATGGCCCAATATAGGAGCCTATCCTTTGTTAATGTGTCTTATGCCTATGGAGG 476Sialodacryoadenitis CAAGAAGATGGCCCAATATAGGAGCCTATCTTTTGTTACTGTGCCTTATGCCTATGGAGG 476Puffinosis TAAGAAGATGGCCTATTATAGGAGTCTTTCTTTTGTTAATGTGTCTTACAGTTATGGTGG 476Breda TCAAATGGCAACAACTTCACGTTGCATCAAGCTTATCCAACTACAAGCCCCATCTAGTTT 443Torovirus TCAAATGGCAACAATTTTACGTTGTATCAAGCTTATACAACTAAAAGCACGTTCTAGTTT 443* * * * * * * ** * * * *
Bovine CTCTGCACAATCTACAGCCCTTTGTAAATCTGGTAGTTTAGTTCTTAATAACCCTGCATA 521Coronavirus CTCTGCACAATCTACAGCTCTTTGTAAATCTGGTAGTTTAGTCCTTAATAACCCTGCATA 521Murine TAATGCTAAGCCTACTTCCATTTGCAAGGACAAAACTTTAACACTCAACAACCCCACCTT 536Sialodacryoadenitis TAACGCCAAGCCCACCTCCATTTGTAAAGACAAAACTTTAACACTCAATAATCCCACCTT 536Puffinosis TAAGGCCAAACCTACCGCCATATGTAAGGATAATACTTTAACACTCAACAACCCTACCTT 536Breda GCCAACACTACAAGCTGGTGTGTGTCGTACCAATAAGCAGTTGCCTGACAACCCTCGTTT 503Torovirus TACAACACTACAAGATGTTGTGTGTCGTACTAATAAATACTTGCCTAACAACCCTACTTT 503* * ** * * * ** ** *
Bovine TATAGCTCGTGAAGCTAATTTTGGGGATTATTATTATAAGGTTGAAGCTGATTTTTATTT 581Coronavirus TATAGCTCCTCAAGCTAACTCTGGGGATTATTATTATAAGGTTGAAGCTGATTTTTATTT 581Murine CATTTCGAAGGAGTCCAATTATGTTGATTATTATTACGAGAGTGAGGCTAATTTCACACT 596Sialodacryoadenitis CATTTCGAAGGAATCTAATTATGTTGATTATTACTATGTGAGTGAGGCTAATTTCACACT 596Puffinosis CATTTCGAAGGAGTCTAATTATGTTGATTATTATTACGAGAGTGATGCTAACTTCACACT 596Breda GGCTTTGC-TTAGTGACACTGTGCCAACTTCTGTCCAGTTTGTTTTGCCTGGTTCAAGTG 562Torovirus TGCTTTGC-TTAGTGATACTGTGCCAACTTGGGTCCAGTTTGTTTTACCTGATTTAAGTG 562* * * ** * * * * **
Bovine GTC----AGGTTGTGACGAGTATATCGTACCACTTTGTATTTTCAACGGCAAGTT----- 632Coronavirus GTC----AGGTTGTGACGAGTATATCGTACCACTTTGTATTTTTAACGGCAAGTT----- 632Murine ACA----AGGTTGTGATGAATTTATAGTACCGCTCTGCGTTTTTAATGGCCATTCCAAGG 652Sialodacryoadenitis ACA----AGGTTGTGATGAATTCATAGTCCCGCTCTGTGTTTTTAATGGTCATTCCAGGG 652Puffinosis AGA----GGGTTGTGATGAATTTATAGTGCCACTCTGTGTTTTTAATGGACACTCCAGAG 652Breda GTACCACAATTTGCACTAAACATCTTGTGCCGTTTTGTTATCTTAATCATGGTTGTTT-- 620Torovirus GTAAGACAATTTGCATTAAATATCTTGTACCATTTTGTCATCTTAATCATGGTTGTTT-- 620*** * * ** ** * ** * * ** *
Bovine ----TTTGTCGAATACA------AAGTATTATGATGATAGTCA-ATATTATTTTAATAAA 681Coronavirus ----TTTGTCGAATACA------AAGTATTATGATGATAGTCA-ATATTATTTTAATAAA 681Murine GCAGCTCTTCGGATCCTGCCAATAAATATTATACTGACTCTCA-GAGTTACTATAATATG 711Sialodacryoadenitis GCAGTTCTTCGGATCCTGCCAACAAATATTATACTGACTCTCA-GAGTTACTATAATATT 711Puffinosis GCAGTTCTTCGGACCCTGCCAATAAGTATTATATGGACAGTCA-AATGTACTATAATATG 711Breda ----TACAACGGGTGGTTCTTGTCTGCCTTTTGGTGTTTCTTATGTTTCAGATTCATTTT 676Torovirus ----TACAGCAGGTAGTAGCTGTCCACCTTTTGGTGTTTCTTATGTTTCAGATTCATTTA 676* ** * * * * * * **
Bovine GACACTGGTGTTATTTATGGTCTCAATTCTACT---GAAACCATTACCACTG-------- 730Coronavirus GACACTGGTGTTATTTATGGTCTCAATTCTACA---GAAACCATTACCACTG-------- 730Murine GATACCGGTGTTTTATATGGGTTCAATTCGACCTTGGATGTTGGCAATACTGTACAAAAT 771Sialodacryoadenitis GATACTGGTGTCCTATATGGCTTCAATTCGACCTTGGATGTAGGCAACACTGCTCAGAAT 771Puffinosis GATACTGGTGTCTTTTATGGGTTCAATTCGACCCTGGATGTTGGCAACACTGCACAAAAT 771Breda ATTATGGGTATTAT-----GATGCAACACCAC-----AGATAGGTTCAACTGAGT----- 721Torovirus ATTATGGGTTTAAT-----GATGCAACACCAT-----ACATAGGTTTAGCTGAGT----- 721* *** * * * *** * * * ***
Bovine ----GTTTTGACTTTAATTGTCATTATTTAGTTCTACCCTCTGGTAATTATTTAGCCATT 786Coronavirus ----GTTTTGATCTTAATTGTTATTATTTAGTTTTACCCTCTGGTAATTATTTAGCCATT 786Murine CCGGGTCTTGATCTCACTTGTAGGTATCTTGCATTGACTCCTGGTAATTATAAGGCTGTG 831Sialodacryoadenitis CCAGGTCTTGATCTCACTTGTATGTATCTTGTTTTAACTCCCGGTAATTATAAGGCAGTG 831Puffinosis CCAGGTCTTGATCTCACCTGTATTTATTATGCATTGACTCCTGGTAATTATAAGGCAGTG 831Breda ----CCCATGATTATGTTTGTGATTATCTTTTTATGGAACCAGGCACTTATAATGCATCT 777
Torovirus ----CTCATGATAATGTTTGTGATTATCTTTTTGTGGAAGCAGGTACTCATAATGCATCT 777*** *** *** * * ** * * ** **
Bovine TCAAATGAGCTATTGTTAACTGTTCCTACTAAAGCAATCTGTCTTAATAAGCGTAAGGAT 846
Coronavirus TCAAATGAGCTATTGTTAACTGTTCCTACGAAAGCAATCTGTCTTAATAAGCGTAAGGAT 846Murine TCCTTAGAGTATTTGTTAAGCTTACCCTCAAAGGCTATTTGCCTCCGTAAGCCAAAGAGC 891Sialodacryoadenitis TCCTTAGAATATTTGTTAACTATACCCTCAAAGGCTATCTGTCTTCGTAAGCCTAAGCGC 891Puffinosis TCCTTAGAATATTTGTTAACTATACCCTCAAAGGCTATCTGCCTCCGTAAGCCCAAGCGC 891Breda ACTGTTGGTAAATTTCTTGTTTATCCCACAAAGTCATATTGTATGGACACAATGAATATA 837
Torovirus ATTGTTGGTAATTTTCTTTTTTATCCAACTAAGTCTTATTGCTTTAACACTATGAATTTT 837* ** * ** * ** * ** * * **
Bovine TTTACGCCTGTACAGGTTGTTGATTCGCGGTGGAACAATGCCAGGCAGTCTGATAACATG 906Coronavirus TTTACGCCTGTACAGGTTGTTGATTCGCGGTGGAACAATGCCAGGCAGTCTGATAACATG 906Murine TTCATGCCTGTGCAGGTAGTGGATTCAAGGTGGAATAGTACCCGCCAGTCAGACAATATG 951Sialodacryoadenitis TTTATGCCTGTGCAGGTAGTAGATTCAAGGTGGAATAGTACCCGTCAGTCTGACAATATG 951Puffinosis TTTATGCCTGTGCAGGTAGTCGATTCTAGATGGAATAATGCTAAGCATTCGGATAATATG 951Breda ACAGTTCCAGTTCAAGCTGTACAGAGCATTTGGTCAGAACAGTACGCCTCTGATGATGCA 897Torovirus ACAGTTCCCGTTCAGGCTATACAGTCTATTTGGTCTGAAGGCAACGAGTCTGATGATGCA 897** ** ** * * * *** ** ** *
Bovine ACGGCAGTTGCTTGTCAACCCCCGTACTGTTATTTTCGTAATTCTACTACCAATTATGTT 966Coronavirus ACGGCGGTTGCTTGTCAACCTCCGTACTGTTATTTTCGTAATTCTACTACCAACTATGTT 966Murine ACTGCTGTAGCTTGTCAGCTGCCATATTGCTTTTTCCGCAACACATCTGCGGATTATAGT 1011Sialodacryoadenitis ACCGCTGTAGCCTGTCAGCTGCCATATTGTTTCTTCCGCAATACTTCTGCGGATTATAGT 1011Puffinosis ACGGCTGTAGCTTGTCAGACGCCATATTGTCTTTTCCGAAATACTTCTAGTGGCTATAAT 1011Breda ATAGGTCAGGCGTGTAAAGCACCATACTGTATATTTTATAATAAGACCACTCCATATACA 957Torovirus ATAGCAGAAGCGTGTAAACCACCATTCTGCATATATTATTCTAAGACAACACCATATACC 957
* * ** *** * ** * ** * * ***
Bovine GG---TGTT---TATGATATCAATCATGGGGATGCTGGTTTTACTAGCATACTCAGTGGT 1020Coronavirus GG---TGTT---TATGATATTAATCATGGAGATGCTGGTTTTACTAGCATACTTAGTGGT 1020Murine GG---TGGTACACATGATGTACACCATGGTGATTTTCACTTCAGGCAGTTATTGTCTGGT 1068Sialodacryoadenitis GG---TGATACACATGATGTACACCATGGTGATTTTTATTTCAGGCAGTTATTGTCTGGT 1068Puffinosis GG---TAGCACACACGATGTACACCATGGTGGTTTTCATTTTAGAAAGCTATTGTCTGGC 1068Breda GTAACCAATGGTTCTGATGCAAATCATGGTGATGATGAGGTTAGAATGATGATGCAGGGT 1017Torovirus GTAACAAATGGTTCTAATGCAGATCATCGTGATGATGAAGTTAGAATGATGGTGAGGGGA 1017* ** * *** * * * * * * * * **
Bovine TTGTTATATGACTCACCTTGTTTTTCGCAGCAAGGTGTTTTTAGGTATGATAAT-GTTAG 1079Coronavirus TTGTTATATAATTCACCTTGTTTTTCGCAGCAAGGCGTTTTTAGGTATGATAAT-GTTAG 1079Murine TTGCTATATAATGTTTCCTGTATTGCCCAACAGGGTGCATTTGTTTACAATAAT-GTTAG 1127Sialodacryoadenitis TTGCTTTATAATGTGTCCTGTATTGCCCAACAGGGTGCATTTCTTTATAATAAT-GTTAG 1127Puffinosis TTGCTGTACAATGTCTCCTGCATTGCTCAGCAGGGTGCATTTTTTTATAATAAT-GTTAG 1127
Breda CTTTTGAGGAATTCATCCTGCATTTCACCTCAAGGTTCCACCCCACTTGCTCTTTATTCA 1077Torovirus CTTTTGTATAATTCATCATGCATTTCAGCTCAAGGCTCCACACCCCTTGCTCTTTATTCT 1077* * * * ** ** * ** ** * * **
Bovine CAGTGTCTGGCCTCTCTAC--CCTTATGGCAGATGCCCTACTGCTGCTGATATTAATACC 1137Coronavirus CAGTGTCTGGCCTCTCTAC--CCCTATGGCAGATGTCCCACTGCTGCTGATATTAATAAC 1137Murine CTCCTCTTGGCCAGCCTAT--GGGTACGGTCATTGTCCAACGGCAGCTAACATTGGT--- 1182Sialodacryoadenitis CTCCATCTGGCCAGTTTAT--GGCTATGGCCACTGTCCAACTGCTGCTAATATTGGT--- 1182Puffinosis CTCGCAGTGGCCTGTTCTG--GGTTATGGACAGTGTCCCACGGCCGCTAACATTGAA--- 1182Breda ACTGAGATGATTTATGAACCAAATTATGGTTCTTGTCC-ACAGTTTTATAAATTGTT--- 1133Torovirus ACTGCAATGCTTTACGCACCTATTTATGGGTCTTGTCC-ACAGTATGTTAAATTGTT--- 1133** ** ** ** ** ** * * ***
Bovine CCTGATGTACCTATT--TGTGTGTATGATCCGCTACCAATTATTTTGCTTGGCATTCTTT 1195Coronavirus CCTGATTTACCCATT--TGTGTGTATGATCCGCTACCAGTTATTTTGCTTGGCATTCTTT 1195Murine TATATGGCGCCTGTT--TGTATCTATGACCCCCTTCCGGTCATACTGCTAGGTGTATTAT 1240Sialodacryoadenitis TATATGGCACCCGTT--TGTCTTTATGACCCCCTACCGGTCATATTACTAGGTGTCTTAT 1240Puffinosis TTTATAGCACCTGTT--TGCCTGTATGACCCTTTACCGGTCATATTGCTTGGTGTATTAT 1240Breda --TGATACATCTGGCAATGAGAATATAGATGTTATTTCATCTTCTTATTTTGTGGCTACC 1191
Torovirus --TGATACTTCTGGCTCCGAGAGTGTAGATGTTATTTCTTCTTCCTATTTTGTGGCTACT 1191* * * * * * * * * *
Bovine TGGGTGTTGCGGTCATAATTATTGTAGTTTTGTTGTTATATTTTATGGTGGATAATGGTA 1255Coronavirus TGGGCGTTGCGGTCATAATTATTGTAGTTTTGTTGTTATATTTTATGGTGGATAATGGTA 1255Murine TGGGTATAGCTGTGTTGATTATTGTGTTTTTGATGTTTTATTTTATGACGGATAGCGGTG 1300Sialodacryoadenitis TGGGTATAGCTGTGTTAATTATTGTTTTTCTTATTTTGTATTTTATGGCGGATAGCAGTG 1300Puffinosis TGGGTATAGCTGTGTTGATTATTGTGTTTTTGTTGTTTTATTTTATGACGGATAGCGGTG 1300Breda TGGGTTTTGTTG--GTGGTGGTTGTTATTTTAATATTTGTAATTATAA--GTTTTTTTTG 1247Torovirus TGGGTTTTGTTG--GTGGTGGTTGTTATTTTAATATTTGTAATTATAA--GTTTTTTTTG 1247**** * * * * * **** ** * * ** **** * * *
Bovine CTAGGCTGCATGATGCTTAG 1275Coronavirus CTAGGCTGCATGATGCTTAG 1275Murine TTAGATTGCATGAGGCATAA 1320Sialodacryoadenitis TTAGGTTGCATGAGGCCTAA 1320Puffinosis TTAGATTGCATGAGGCATAA 1320Breda TTAG---------------- 1251Torovirus TTAG---------------- 1251***
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